knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027083.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M00084

5 Motif M01175

6 Motif PBM0162

7 Motif PBM0145

8 Motif PBM0087

9 Motif M00338

10 Motif M00778

11 Motif M01259

12 Motif M00615

13 Motif MA0100.1

14 Motif PBM0203

15 Motif M00428

16 Motif M00986

17 Motif M01639

18 Motif M01241

19 Motif M00108

20 Motif M01972

21 Motif M00245

22 Motif M00244

23 Motif M00235

24 Motif M00049

25 Motif M00706

26 Motif M01636

27 Motif M01629

28 Motif PBM0095

29 Motif PBM0126

30 Motif PBM0104

31 Motif PBM0103

32 Motif PBM0132

33 Motif PBM0135

34 Motif PBM0116

35 Motif M01167

36 Motif M01940

37 Motif M01700

38 Motif M01944

39 Motif M00237

40 Motif M01961

41 Motif M01104

42 Motif M00654

43 Motif M01057

44 Motif PBM0027

45 Motif M01559

46 Motif M01509

47 Motif M00008

48 Motif M01002

49 Motif M00797

50 Motif PBM0114

51 Motif PBM0113

52 Motif PBM0107

53 Motif M00001

54 Motif PBM0023

55 Motif M01550

56 Motif M00712

57 Motif M00976

58 Motif M01220

59 Motif M01924

60 Motif M00752

61 Motif PBM0105

62 Motif PBM0094

63 Motif PBM0130

64 Motif PBM0128

65 Motif PBM0119

66 Motif PBM0100

67 Motif PBM0110

68 Motif PBM0121

69 Motif PBM0101

70 Motif M02037

71 Motif M01992

72 Motif M01987

73 Motif M01982

74 Motif M01979

75 Motif M00032

76 Motif M01990

77 Motif M00262

78 Motif M01660

79 Motif M01243

80 Motif M00940

81 Motif M00939

82 Motif M01492

83 Motif PBM0083

84 Motif M01118

85 Motif M00263

86 Motif PBM0077

87 Motif M00920

88 Motif M00516

89 Motif M01812

90 Motif PBM0082

91 Motif M01613

92 Motif M01635

93 Motif MA0093.1

94 Motif M00799

95 Motif M01050

96 Motif PBM0198

97 Motif PBM0181

98 Motif M01577

99 Motif PBM0054

100 Motif M01512

101 Motif M01122

102 Motif M00766

103 Motif M01182

104 Motif M01634

105 Motif M00345

106 Motif M00698

107 Motif M00944

108 Motif M01933

109 Motif M01839

110 Motif M00243

111 Motif MA0061.1

112 Motif M00054

113 Motif M01947

114 Motif M01648

115 Motif M01903

116 Motif M00697

117 Motif M00694

118 Motif M00916

119 Motif M00036

120 Motif M01862

121 Motif M01820

122 Motif M01586

123 Motif M00917

124 Motif M00691

125 Motif M00513

126 Motif M00113

127 Motif M00017

128 Motif M01187

129 Motif M01186

130 Motif M00179

131 Motif M00178

132 Motif M01861

133 Motif M00981

134 Motif M00946

135 Motif M00375

136 Motif M00039

137 Motif M00514

138 Motif M00121

139 Motif M00369

140 Motif M00236

141 Motif M00624

142 Motif M01113

143 Motif M00649

144 Motif MA0024.1

145 Motif M00739

146 Motif M00738

147 Motif M00737

148 Motif M00736

149 Motif M00431

150 Motif M00427

151 Motif M00426

152 Motif M00050

153 Motif M01162

154 Motif M01068

155 Motif M00936

156 Motif M00376

157 Motif MA0119.1

158 Motif M01196

159 Motif PBM0079

160 Motif M01511

161 Motif M00740

162 Motif M00466

163 Motif PBM0085

164 Motif M01517

165 Motif M01976

166 Motif M01219

167 Motif M01925

168 Motif M00918

169 Motif M00425

170 Motif M00492

171 Motif PBM0172

172 Motif PBM0171

173 Motif M00264

174 Motif M01643

175 Motif M00693

176 Motif M01673

177 Motif M00069

178 Motif M00788

179 Motif M01793

180 Motif PBM0013

181 Motif M01558

182 Motif M01818

183 Motif M00796

184 Motif M00945

185 Motif M00371

186 Motif M00370

187 Motif M00220

188 Motif M00660

189 Motif M01742

190 Motif M00652

191 Motif M00762

192 Motif M01681

193 Motif M01035

194 Motif M01752

195 Motif M00064

196 Motif PBM0191

197 Motif PBM0176

198 Motif M01256

199 Motif M00325

200 Motif M00256

201 Motif M01028

202 Motif MA0139.1

203 Motif M01200

204 Motif M01911

205 Motif M00973

206 Motif M01816

207 Motif M01642

208 Motif M00361

209 Motif M00066

210 Motif M00171

211 Motif M01744

212 Motif MA0117.1

213 Motif M01513

214 Motif M00666

215 Motif M00651

216 Motif M00024

217 Motif M01662

218 Motif PBM0031

219 Motif M01548

220 Motif M00279

221 Motif MA0088.1

222 Motif MA0003.1

223 Motif M00470

224 Motif M00469

225 Motif PBM0081

226 Motif M01571

227 Motif MA0007.1

228 Motif M01768

229 Motif M00175

230 Motif M01607

231 Motif M01298

232 Motif M00806

233 Motif M00443

234 Motif M00512

235 Motif M01909

236 Motif M00927

237 Motif M00193

238 Motif PBM0156

239 Motif PBM0140

240 Motif M01608

241 Motif MA0138.2

242 Motif M01927

243 Motif M01054

244 Motif M01587

245 Motif M01216

246 Motif M01251

247 Motif M00062

248 Motif M00368

249 Motif M01111

250 Motif M00281

251 Motif M01946

252 Motif M00280

253 Motif M00993

254 Motif PBM0134

255 Motif M00065

256 Motif MA0150.1

257 Motif M01646

258 Motif M00070

259 Motif MA0091.1

260 Motif M00394

261 Motif M00930

262 Motif M00795

263 Motif M00150

264 Motif M01774